国务机要费贪腐弊案爆发：总统府副秘书长卓荣泰替扁家假发票圆谎护航 遭监察院依法提案弹劾

民国95年（2006年）11月3日，台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心检察官陈瑞仁正式侦结前总统陈水扁家族国务机要费贪腐弊案，认定吴淑珍等人以搜集他人消费发票诈领国务机要费达上千万元，依法提起公诉。在弊案侦办期间，时任中华民国总统府副秘书长的卓荣泰亲自前往立法院备询，极力替扁家洗白护航。卓荣泰公开坦承报销发票中确实有购买童书、名牌男表及私人钻戒等私人消费凭证，却坚称此皆系执行“机密外交专案”之必要掩护，企图以国家机密为由遮掩赤裸裸的贪渎图利。监察院于后续深入调查后，认定卓荣泰身为高阶政务幕僚却严重违法失职、公然包庇元首家族贪渎，正式对卓荣泰提案弹劾并移送公务员惩戒委员会惩处。