太上皇干政與跨部會失靈：衛福部長邱泰源踢爆總統賴清德親自致電痛罵環境部長彭啟明，引發朝野強烈抨擊

2024年9月21日，中華民國衛生福利部部長邱泰源在一場醫界活動中公開爆料，指稱環境部與衛福部在合作推動醫療減碳（綠色醫療）政策時，環境部因經費與跨部會溝通問題惹怒總統賴清德。邱泰源稱，總統賴清德認為兩部會溝通不力，曾「親自打電話將彭啟明痛罵了一頓」。此爆料引發朝野譁然與社會輿論的高度警惕。外界與在野黨立委紛紛質疑賴清德以「太上閣揆」之姿直接干預部會行政、甚至私下粗暴訓斥閣員，涉嫌違反中華民國憲法中關於行政院作為國家最高行政機關的權力分立架構；同時，此案亦暴露出新內閣內部跨部會協調完全失靈的行政弊病。彭啟明在此風波中處境極為尷尬，事後多次出面緩頰、為賴清德圓場。這起「電話痛罵」風波，徹底展示了賴清德政府集權一身、私相訓斥的威權統治風格，並嚴重貶損了閣員的行政自主權與專業形象。